Муниципальное учреждение культуры «Городской центр охраны памятников» было создано в 2002 году в целях «улучшения охраны и использования памятников истории и культуры» в соответствии с Постановлением Главы города Перми от 12.03.2002 №734.
Учредителем вновь создаваемого муниципального учреждения от лица Администрации города Перми выступил Комитет по культуре и искусству администрации города Перми (с 01.10.2012 – Департамент культуры и молодежной политики администрации города Перми). Соучредителем вновь создаваемого учреждения выступил Департамент имущественных отношений администрации города Перми и закрепил в установленном порядке за учреждением муниципальное имущество.
Муниципальное автономное учреждение культуры «Городской центр охраны памятников» г. Перми создано в сентябре 2010 года путем изменения типа существующего бюджетного муниципального учреждения культуры «Городской центр охраны памятников» в соответствии с Постановлением Администрации города Перми от 13.07.2010 №429.
В соответствии со статьей 45 пунктом 3 Федерального закона от 25 июня 2002 г. №73- ФЗ «Об объектах культурного наследия (памятниках истории и культуры) народов Российской Федерации» в декабре 2023 года МАУК «Городской центр охраны памятников» г. Перми получило Лицензию на осуществление деятельности по реставрации объектов культурного наследия (памятников истории и архитектуры).